Bonjour, la réponse est claire sur le site "guide de l'auto-entrepreneur" (http://www.parisrp.urssaf.fr/dmdocuments/parisrp/Guide_Auto_entrepreneur.pdf):

l'article n° 3 de ce guide dit que:
Le formulaire ainsi que le paiement devront être adressés au centre de
paiement du RSI, ou à l'Urssaf si vous relevez de la Cipav.

Donc si vous dépendez de la CIPAV vous payez vos cotisations à l'URSSAF et non au RSI.

J'en conclu qu'il faut choisir comme interlocuteur unique l'URSSAF sur le site de télédéclaration "net-entreprises.fr".

Le RSI reste votre organisme d'assurance maladie obligatoire.

Etant auto-entrepreneur depuis peu avec une activité libérale, je me suis posé la même question, j'espère avoir pu vous aider un peu!
Cordialement