embauche client étant freelance

Bonjour,

Étant quelques années chez un client en SSII je suis passé en freelance par la même SSII chez le même client, le client n'étant pas forcement au courant. Aujourd'hui le client me propose une embauche en interne sinon c'est la fin de la mission pour cause d'une très longue durée (donc à priori illégal). Ma question est: est-ce que le fait que je suis freelance peut poser problème pour l'embauche en interne ou alors je repasse en salarier dans la SSII pour faciliter l'embauche. En gros, est-ce qu'il y a une différence si je suis salarier ou à mon compte ?

merci