depassement seuil BNC facturation TVA rétroactive?

Bonjour,

J'ai deux activités en micro dont de prestation de formation.J'ai dépassé les seuils en 2008 ( 24k€ en juillet==>34 k€ en Aout; 39k€ fin d'année.)

Début Septembre ,j'ai pris contact avec le centre des impôts et j'ai demandé à passer en déclaration controllée .
Suite à cette discussion téléphonique , J'ai continué de facturer sans TVA .
Or après plusieurs échanges il s'avère qui'il faut une demande spécifique (3511) après avoir obtenu un numéro de formateur à la DRTEFP .
Ce que je viens d'avoir début Fev 2009.

Mes factures depuis le dépassement ne comportent pas de TVA , mon commanditaire ne veut pas revenir en arrière aux niveaus des factures enregistrées. Donc comment dois-je faire ?
Est-il envisageable de faire par exemple une facture rectificative comprenant les différentes TVA des factures concernées et de la présenter?
sachant que les factures sont de 2008 et la rectif de 2009 .

Y a t-ils d'autres solutions?
Est-ce que quelqu'un sait si l'exonération de TVA demandée et accordée en début 2009 peut s'appliquer à l'ensemble de l'activité formation?
merci et cordialement